毛文龙设计几年的，借助王恭厂爆炸改变天下政治格局的大爆炸，如期降临了。
据历史记载，天启六年5月初六上午9时左右，京城天色皎洁，忽有声如天牛嘶吼，从城东北方渐至城西南角，同时有一特大火球在空中滚动。巨响声中，天空丝状、潮状的无色乱云横飞，有大而黑的蘑菇、灵芝状云像柱子那样直竖于城西南角。刹那间天昏地暗，尘土、火光飞集，天崩地陷，万室平沉。
东自阜成门，北到刑部街，长1500—2000米，宽6500米范围内木材、石块、人体、禽尸像雨点那样从天空中降下。数万间屋、2万多人都被炸成粉状，瓦砾腾空而下，衣物远飞至昌平，死者皆裸体。正在紫禁城内施工的匠师们，从高大脚手架上被震了下来，2000人跌成“肉袋”。为皇帝出宫准备的仪仗队中的大象，因受惊从象房中奔逃而出，满街乱窜，践踏百姓，死者无数。
御史何迁枢、潘云翼在乾清宫被震死，住在城西南的何家、潘家全被埋在土中。由于皇宫处在爆炸区边缘，使明熹宗朱由校幸免于难。
据《天变邸抄》记载，大爆炸猛发之时，天启帝正在乾清宫用早膳，突然大殿震动，皇帝扔下饭碗，起身直奔交泰殿。速度之快，惊慌的内侍们一时未来得及跟上，只有一个贴身侍卫扶着他。但行到建极殿时，行至建极殿旁，有木槛、鸳瓦自空中坠下，天启帝的贴身侍卫脑顶被砸裂，一命呜呼。天启帝喘息未定一人跑入交泰殿，躲到大殿的一张桌子下。同时，乾清宫大殿严重损坏，一派狼藉，御座御案都翻倒在地。侍奉皇帝进早膳的太监皆殉难，无人存活。不满三周岁的皇太子在宫中被砸死。
但这次，历史还是有了许多变化，就比如死亡人数就多了一万两千人。
在毛文龙的授意下，经过郑宏达多年带领江南富商捐献，也是在毛文龙的建议下，迁到王恭厂的首善书院不断扩建，其规模已经成为京城除了皇宫之外最大的建筑群。而免费食宿，更是让天下东林士子精英趋之若鹜。上一次阉党和东林斗，杀了东林六君子，魏则西采纳了毛文龙的建议，将东林七十三贤士软禁在首善书院，结果更壮大了首善书院的名声，让它的名声更加如日中天，各地东林精英以进入书院为荣。
而这次毛文龙的事件，让许多东林骨干以及官员，进京加入声讨毛文龙的队伍，平时全部住在这首善书院里。一时间，首善书院汇聚了天下东林精英，人数达到了一万两千人。
正在他们痛批毛文龙和阉党的时候，大爆炸发生了，于是，离王恭厂炸药厂最近的首善书院成了第一受害者。一声巨响，原本辉煌的首善书院，转眼成为了一片白地。一万两千东林精英以及各地赶回来批斗毛文龙的东林官员，转眼间灰飞烟灭。不难理解叶向高考察首善书院的时候哀鸣：“大明三百年养士成果毁于一旦，天下士子精英尽毁，没百年不能再现辉煌啦。”
后来毛文龙走在这片应该是大明最璀璨的文化圣地上，脚下的瓦砾里似乎还有冤魂在冲着他呐喊，向他索要性命。带着一脸假仁假义的悲戚，毛文龙只能歉意的在心中喃喃解释：“不是我不想改变你们的命运，第一，天灾是我所无能为力的，我也才搞明白，后世推测的所有王恭厂爆炸案，其实是天灾加上人祸造成的，是小流星陨石，恰巧撞在了王恭厂大明火药库附近，本来不大的撞击却引爆了火药。这不是我能改变的，我虽然是穿越者，但不是万物的宇宙的掌控者。